Kürbis mit Schale im Dampfgarer oder in einem Topf mit kochendem Wasser weich dünsten. In der Zwischenzeit die Zwiebel abziehen und klein würfeln.Weich gedünsteten Kürbis abseihen, kurz abkühlen lassen und durch eine Kartoffelpresse drücken. Mehl, Eier, Muskatnuss, Salz zugeben und rasch zu einem glatten Teig verarbeiten. Dieser darf etwas klebrig sein, er sollte sich allerdings von Rand der Schüssel gut lösen lassen. Gegebenenfalls noch 1-2 Esslöffel Mehl unterrühren.Backrohr auf 180 Grad Heißluft vorheizen.Einen Topf mit Salzwasser aufsetzen und zum Kochen bringen. Den Teig durch ein Spätzle-Sieb streichen und im heißen Wasser ziehen lassen bis die Spätzle oben aufschwimmen. Mit einer Schaumkelle aus dem Wasser heben, kurz abschrecken und beiseite stellen. Solange wiederholen bis der Teig aufgebraucht ist.In der Zwischenzeit Butter, Zwiebel und Speck in eine ofenfeste Form geben und im Backrohr 2-3 Minuten anschwitzen.Form aus dem Ofen nehmen (ACHTUNG HEIß!), Kürbisspätzle und Käse zugeben, kräftig durchrühren und ca. 20-25 Minuten goldbraun backen.